1999年盐城师范学院成立以来，数学与统计学院十分重视学科建设工作。2000年学校批准成立了“应用数学研究所”。应用数学学科在2005年被评为校重点建设学科，2007年在学校中期考核中被评为优秀，2008年被评为校重点学科。“十二五”期间，数学学科为学校硕士学术学位支撑重点学科，按一级学科要求进行建设；应用统计学科为学校硕士专业学位支持重点培育学科，按专业学位点申报要求进行建设；数学学科教学论作为校重点培育学科“学科教学”的一个方向进行建设。

作为一所新建地方本科高校，学院始终坚持学科专业一体化建设，以培养高级应用型专门人才和为地方经济社会发展服务为学科建设目标，学科建设初具规模。2016年，数学学科遴选为“十三五”江苏省重点建设学科，教师教育（数学）被遴选为学校重中之重学科，“大数据的统计建模与网络分析”被遴选为学校重点学科“计算机科学与技术”的一个方向。数学学科主要有组合数学与图论、控制理论及应用、微分方程与动力系统和模糊数学与统计等研究方向。